平成18年 7月　 第７回巡回文化財展「比企のタイムカプセル７　比企の札所 」開催（～11月）
 平成18年12月　企画展（第６回）「武蔵武士と寺院」開催（～平成19年3月）
 平成19年 1月　シンポジウム「武蔵武士と寺院」開催
 平成19年 8月　 第８回巡回文化財展「比企のタイムカプセル８　比企の道」開催（～11月）
 平成19年12月　企画展（第７回）「後北条氏の城」開催（～平成20年2月）
 平成20年 1月　シンポジウム「後北条の城　－合戦と支配－」開催
 平成20年 1月　「歩いて廻る　比企の中世・再発見」刊行

 平成20年 3月　国指定史跡「比企城館跡群菅谷館跡」として指定名称変更（28日付）   
 平成20年  8月　第９回巡回文化財展「比企のタイムカプセル９　比企の城」開催（～11月）
 平成20年12月　企画展（第８回）「板碑が語る中世　－造立とその背景－」開催（～平成21年2月）
 平成21年 1月　シンポジウム「板碑が語る中世　－造立とその背景－」開催
 平成21年 8月　第10回巡回文化財展「比企のタイムカプセル10　比企の伝統産業」開催（～11月）
 平成21年12月　企画展（第９回）「秩父平氏　畠山重忠とその時代」開催（～平成22年2月）
 平成22年　1月　シンポジウム「秩父平氏　畠山重忠とその時代」開催
 平成22年  8月　第11回巡回文化財展「比企のタイムカプセル11　比企のあけぼの　旧石器・縄文時代」開催（～12月）
 平成22年12月　企画展（第10回）「遺物が語る中世の館と城　～菅谷館跡の理解のために～」開催（～平成23年2月）
 平成23年 3月　嵐山史跡の博物館ガイドブック１「菅谷館の主　畠山重忠」刊行 
 平成23年 8月　第12回巡回文化財展「比企のタイムカプセル12　比企の獅子舞」開催（～12月）
 平成23年12月　企画展（第11回）「「鎌倉街道」をゆく　～ひと・モノ・文化～」開催（～平成24年2月）
 平成24年1月　能楽ワークショップ「羽衣」開催
 平成24年1月　シンポジウム「「鎌倉街道」を検証する」開催
 平成24年8月　第13回巡回文化財展「比企のタイムカプセル13　比企の弥生・古墳時代」開催（～12月）
 平成24年12月　企画展（第12回）「中世の災難　合戦と災害」開催（～平成25年2月）
 平成25年2月　シンポジウム「災害からみた中世社会」開催
 平成25年2月　空調機設置工事竣工
 平成25年3月　埼玉県立史跡の博物館条例一部改正(別表第一の備考第一号)
 平成25年8月　第14回巡回文化財展「比企のタイムカプセル14　比企の墓～弔いと供養～」開催(～12月)
 平成25年12月　企画展(第13回）「観音霊場と武士」開催(～平成26年２月)
 平成26年2月　シンポジウム「東国武士の精神世界－いくさととむらい－」開催
 平成26年3月　非常照明設備改修工事竣工
 平成26年3月　埼玉県立史跡の博物館条例一部改正(別表第二)
 平成26年8月　第15回巡回文化財展「比企のタイムカプセル15　比企の奈良・平安時代」開催(～11月)
 平成26年12月　企画展（第14回）「道灌の時代－戦国時代は関東から始まった－」開催(～平成27年2月)
 平成27年2月　シンポジウム「戦国時代は関東から始まった」開催
 平成27年8月　第16回巡回文化財展「比企のタイムカプセル16　比企の建造物」開催（～12月）
 平成27年12月　企画展（第15回）「中世黎明～時代を変えた武士と民衆～」開催（～平成28年2月）
 平成28年2月　シンポジウム「検証！古代から中世へ～東日本の視点から～」開催
 平成28年6月～10月　施設改修工事による臨時休館（照明LED化、外壁補修、空調新設等）
 平成28年11月　企画展（第16回）「戦国を生き抜いた武将たち」開催（～平成29年2月）
 平成29年1月　シンポジウム「関東の戦国末期を再考する」開催
 平成29年4月　日本城郭協会より、「続日本１００名城」に認定（6日）
 平成29年8月　第17回巡回文化財展「比企のタイムカプセル17  比企の中世　PART1」開催（～12月）
 平成29年11月　企画展（第17回）「埼玉県刀剣保存協議会60回記念名刀展　上杉景勝の時代の刀」開催（～11月）
 平成29年12月　企画展（第18回）「武蔵武士とその本拠」開催（～平成30年2月）
 平成30年1月　シンポジウム「武蔵武士とその本拠」開催
 平成30年3月　常設展示ガイドアプリ整備および体験学習用鎧製作（４領）
 平成30年10月　体験学習用小袿製作（3着）
 平成30年8月　第18回巡回文化財展「比企のタイムカプセル18　比企の中世　PART2　―比企の戦国時代―」開催（～12月）
 平成30年12月　企画展(第19回)「越山－上杉謙信侵攻と関東の城－」開催（～平成31年2月）
 平成31年1月　特別講演会「戦国武将と城郭」開催
 平成31年2月　男衾三郎絵詞多言語展示映像の制作
 令和元年8月　第19回巡回文化財展「比企のタイムカプセル19　比企の名勝・天然記念物」開催（～12月）
 令和元年9月　ビデオブースコーナーのリニューアル
 令和元年11月　企画展(第20回)「戦国大名は如何にして軍需を調達したか」開催（～令和2年2月）
 令和2年1月　嵐山史跡の博物館セミナー（企画展関連事業）開催
 令和2年12月　企画展(第21回)「戦国の比企　境目の城」開催（～令和3年2月）
 令和3年8月　企画展(第22回)「実相　忍びの者」開催（～9月）
 令和3年9月　博物館セミナー「戦国の忍びを考える—武蔵国での戦いをめぐって—」開催
 令和3年8月　第20回巡回文化財展「比企のタイムカプセル20　比企の近代遺産」開催（～11月）
 令和4年10月　企画展(第23回)「武蔵武士と源氏――鎌倉殿誕生の時代」開催（～11月）

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